湖南大学深化大学内部治理结构改革、建立现代大学制度改革试点的总体目标是：制定大学章程，完善内部治理结构，完善学校、学部、学院三级学术委员会的学术管理体系及运行机制，深化校院两级管理模式改革，形成学术权力与行政权力相对独立、相互支撑、相互制衡的治理格局，建立责权利相统一、有利于调动积极性、提高执行力的现代大学管理制度和运行机制。
该方案分三个阶段目标。第一阶段（2010—2011年）：研制《湖南大学章程》；建立和明晰学校、学部、学院三级学术委员会的学术管理体系及运行机制；以分配制度和资源配置改革为切入点，推进管理重心下移，落实学院的责任、义务和权利。第二阶段（2012—2013）：确定《湖南大学章程》，形成上承国家教育政策和法律法规、下启学校内部管理的治校总纲；完善学术管理和学术决策机制，理顺三级学术委员会系统内部及其与校院两级行政系统之间治理关系；完善分配制度和资源配置改革，形成“宏观有序、微观搞活”的校院两级管理局面。第三阶段（2014—2015）：进一步完善内部治理结构，形成学术权力与行政权力相对独立、相互支撑、相互制衡的治理格局，构建充满活力、富有效率、更加开放、有利于科学发展、有利于高水平研究型大学建设的管理体制和运行机制。
为了做好这项试点工作，湖南大学出台了五项改革措施和四项配套政策。这五项改革措施是：（1）制定《湖南大学章程》。明确学校的价值追求与办学愿景，确立学校内部治理结构，明晰内部组织及其人员的权利、责任及行为规范。（2）坚持和完善党委领导下的校长负责制。完善党委全委会、党委常委会、校长办公会、书记办公会的议事规则和程序，进一步明确权利边界，规范决策行为，提高决策水平，建立健全决策、指挥、执行与监督相对分离、有机结合的运行机制。（3）建立和完善学校、学部、学院学术委员会。明确各级学术委员会的职责与权限，分离学术管理与行政管理的责权，建立科学的学术评价体系和考核评估制度，形成科学民主高效的学术管理体系。（4）完善校院二级管理体制。降低管理重心，调动学院积极性，提高执行力，形成责权利相统一、党政部门与学院协调配合、行政管理与学术管理有机衔接的管理运行机制。（5）统筹推进人事、财务和资产管理制度创新。客观分析学校人财物的运行效力以及与高水平研究型大学建设不相适应的突出问题，改进管理方式，建立以人才培养和学术贡献为主要依据的资源分配机制和动态投入机制。
四项配套政策是：（1）组建相关管理机构。成立并完善校学术委员会常设工作机构，建立健全学术委员会的工作制度和运行机制；成立湖南大学编制委员会，推进科学设置岗位，统筹人力资源的宏观配置；成立湖南大学预算委员会，分类型、分阶段、分项目统筹考虑财力资源配置；成立湖南大学董事会，健全社会支持和监督学校发展的长效机制；成立实验室建设与管理委员会，建立大型仪器设备共享管理信息平台和实验室开放管理系统。（2）改革教师管理和聘用制度。按教学为主型、教学科研型和科研为主型分类，明确教师的岗位任务和发展目标，明确相应的评价体系；实行有限期聘任、有限次晋升，促进人才的有序流动；通过无限期聘用，稳定骨干和高层次人才队伍。（3）进一步推进学院目标管理责任制。改革学校对学院办学经费的分配模式，强化学院责任，落实学院自主权；积极探索员工薪酬体系改革，激发学院不断探索人员管理和办学运行的长效机制。（4）制定和完善各种制度规范和程序规范。明确规章制度的制订、修改、废止程序，以国家政策、法律法规和学校章程为依据，按公开、统一、透明的原则，重点对人财物资源管理制度进行清理、修订，强化制度的权威性和约束力。 为保证改革试点工作的顺利开展，湖南大学将成立由校长担任组长、相关工作分管校领导为成员的改革试点项目领导小组。学校办公室作为领导小组的常设工作机构，负责联络、协调以及项目进展情况的跟踪和督办。另外学校拟投入100万元整体推进本项目改革试点。
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